Dans l'Académie Cross, étudiants humains et vampires cohabitent secrètement. En effet, il y a la « Day class », ou « classe de jour » et la « Night class », « classe de nuit », permettant que ceux-ci ne soient pas en contact. Yuki, avec l’énigmatique Zero, doivent s’assurer que cette cohabitation reste pacifique et préserver le secret.

La jeune fille souhaite un futur dans lequel Hommes et Vampires puissent coexister sans se combattre. Une conviction dictée aussi par les sentiments qu’elle éprouve pour le noble Kaname, le chef charismatique des vampires du lycée, un sang-pur. Un garçon qui, il y a 10 ans, lui a sauvé la vie.