Tout commence à Gakuen Toshi (ville de l'académie) dans un monde ou les pouvoirs magiques et surnaturels existent. Toma Kamijo est un étudiant ordinaire dans cette ville et obtient des résultats tout à fait médiocre. Cependant ce garçon possède un pouvoir unique, "le Briseur d'imagination" qui peut défaire et annuler n'importe quel pouvoir. Mais le prix à payer pour utiliser ce pouvoir est très élevé.

Plus il utilise son pouvoir, plus sa chance s'envole. C'est ce que va lui apprendre soeur Index de l'église Anglicane, que Toma Kamijo découvre assommée sur son balcon, poursuivit car elle possède 103 volumes de livres magiques. Poursuivit par une organisation appelée "la chapelle magique"....