Ikichi Onizuka , 22 ans, ancien zoku (membre d’un gang rebelle fana de motos), décide de prendre son avenir en main en devenant prof dans un lycée. Dans le premier manga GTO, Onizuka est confronté au terrible univers de l’enseignement japonais et à l’insubordination de ses élèves.
A la fin de GTO, Onizuka s'est fait tiré dessus, et se retrouve à l'hôpital. Mais, le lendemain de son opération, il se rend à une émission de télé faisant passer des profs.

Suite à une grosse boulette, il est obligé de se cacher pour 2 semaines. Il décide de retourner à Shonan (là où il était quand il était jeune) pour se planquer. Là, il recontre la jeune surveillante d'un orphelinat. Celle-ci a des problèmes avec ses élèves et Onizuka se propose de l'aider. Mais comme on peut s'en douter, ces enfants au passé difficile n'ont pas l'intention de laisser un nouveau prof leur dicter ce qu'ils ont à faire....