Shinichi est un adolescent doué pour résoudre les enquêtes. Accompagné de sa petite amie Ran, il aide la police dans ses recherches. Mais sa curiosité va le conduire à suivre deux hommes en noir, qui vont l'assommer et l'obliger à absorber une étange substance. A son réveil, Shinichi va se retrouver dans le corps d'un enfant. Ne sachant où aller, il se rend chez le professeur Agata un ami de la famille qui va lui conseiller de changer d'identité. Il va donc adopter le nom de Conan Edogawa.

Ce dernier va alors demander à Ran de le garder quelques jours. De son côté, Ran vit avec son père, un détective privé pas très doué. Conan va vite comprendre qu'avec son corps d'enfant, personne n'accepte de le prendre au sérieux mais qu'il peut utiliser le père de Ran pour ses enquêtes. En peu de temps, cet homme maladroit et peu doué va devenir une star.